五台战争至此告一段落，萨菲罗斯成了这次战役中最大功劳的获得者，而安吉尔则不知去向。正当扎克斯回忆近期安吉尔身上发生的一切时，萨菲罗斯打来电话叫他到司令室去见拉扎德。（此时可先在城内逛逛，多和NPC对话，会追加任务）。拉扎德宣布扎克斯终于升级为[1st]，此时可装备魔石数量升为了6个，并且有了魔石合成（マテリア合成）技能，同时给他带来了新任务，（此时会收到神罗新闻，安吉尔和杰奈西斯都被定为在五台战役中殉职），可没想到新任务竟是除掉安吉尔……正当三人正在交谈之时，突然警报声大作，有侵入者入侵神罗公司总部，扎克斯和萨菲罗斯被分别派出去寻找侵入者。

来到入口处发现竟然是神罗公司的兵器在袭击自己人（中途可在49层救助研究员和士兵），原来又是杰奈西斯复制体搞的鬼。接下来是一大段杂兵战，需要注意的就是四个大型机器同时出来的时候，四杆机枪经常连续发射打的玩家无法还手，要多注意防御和用回转攻击。随后萨菲罗斯赶来，两人继续分头寻找入侵者。随后在loveless街救助两拨行人，然后遇到了塔克斯小队成员西斯内被杰奈西斯袭击，秉着英雄救美的优良传统，扎克斯挡在了西斯内面前。
BOSS战：杰奈西斯，这个看起来很像真的的杰奈西斯其实实力并不怎么样，除了他那招限定技“烈日”没法躲以外，其他的基本对玩家造不成威胁，尤其是他举枪射击那招，破绽极大，趁机会绕身后猛K可给予重创。
被击倒的杰奈西斯展开他的黑色单翼妄图逃跑，却被扎克斯一剑掀翻在地，黑色羽毛散落了一地。“翅膀……”西斯内看到倒在地上的杰奈西斯和散落漫天的黑色羽毛显得有些伤感，“人是不长翅膀的，他们是怪物”扎克斯狠狠地说道。“翅膀代表飞翔和自由，并不是怪物的证明哦”，眼前善良可爱的女孩好象也改变了扎克斯的些许想法。此时手机响起，西斯内也告别了扎克斯离开了。电话是萨菲罗斯打来的，说是在八号街第五魔晃炉附近发现了安吉尔的行踪。本次行动的任务是除掉安吉尔，扎克斯当然不愿意去，但没想到萨菲罗斯其实也没有除掉安吉尔的意思，得知此事后扎克斯满心欢喜的奔向了第五魔晃炉……
上来后就会有一场小BOSS战，此战唯一需要注意的就是敌人的攻击会令扎克斯中毒，战前如果有防止中毒状态的防具最好提前换上。

战后扎克斯惊奇的发现怪物的身上竟然有安吉尔的脸，此时萨菲罗斯赶到告诉扎克斯，也许被复制的不只是杰奈西斯。萨菲罗斯对扎克斯讲述了他、杰奈西斯和安吉尔以前在一起时的事情（超长一段精彩的CG，超爽！）





 

两人结束谈话后继续深入寻找安吉尔，来到6号门前，发现没有动力开门，于是扎克斯下到最底层打开魔晃炉使动力重新注入，
来到内部，萨菲罗斯在这里发现了霍兰德盗走的关于古代种等研究的机密资料。话说在他、杰奈西斯和安吉尔以前进行模拟训练的时候曾经有一次萨菲罗斯将杰奈西斯砍伤，并导致魔晃进入他体内，而当时杰奈西斯的主治医师却告知萨菲罗斯并不能输血来救他。他又提到杰奈西斯是一个被称作“project G”也就是“project 杰奈西斯”的计划诞生的……
话音未落霍兰德和杰奈西斯出现在了两人面前，杰奈西斯把剑指向萨菲罗斯就要开战，霍兰德见状转身就逃，扎克斯则追了上去……
 

不必一路追着霍兰德，可以到处搜集一下宝箱，因为能走通的路也就那一条，在最后的平台上遇到了三架大型兵器BOSS战，这场战斗需要注意的是敌人虽是机械，但依然有可以让扎克斯中毒的招数，所以还是装备好毒防御的防具比较好，以免战斗中手忙脚乱。抓住机会就用回转攻击同时给予三架敌人伤害，HP不够了就暂时远离补充，随后再回转攻击……
 
当扎克斯正要质问霍兰德时，一把熟悉的大剑挡在了他面前。“你到底想干什么！安吉尔！”“征服世界以及复仇……”说此话的同时令扎克斯不能相信的一幕发生了，安吉尔竟然长着一只和杰奈西斯一样的翅膀，唯一的区别就是他的翅膀是白色的。“看到了么，我是怪物，怪物能做的就是征服世界和复仇”，“翅膀并不是怪物的证明啊！”“那这是什么？”“这是天使的翅膀。”“哼，是么？那你知道天使的梦想是什么么？”“什么……”“想变成人类……”说这句话时安吉尔一击将扎克斯掀到了半空中，扎克斯重重的摔在了地上，“来和我战斗！”安吉尔吼道。扎克斯看着眼前的前辈兼好友，还是不能下手。安吉尔又一个火魔法扔了过来，安吉尔脚下的铁网被破坏，掉了下去……
第三章 END